A decir verdad, ignoro que tan práctico pueda ser un ninja de Meele (pelea cuerpo a cuerpo), ya que la mayoria de sus habilidades son para atacar a distancia y retroceder o desvanecer rápidamente. Las dos alternativas (de hecho son 3 contando la usada para Final Strike) son Str/Dex que se utiliza para arrojar Kunais, Shuriken y Fuuma Shurikens; y la Int/Dex que se utiliza para magia.
El ninja es una clase evasiva, la cual depende del ataque sorpresa y a distancia para ser más mortal.
En cuanto a habilidades fuera de las de magías, entre las mejores son Throw Fuuma Shuriken, Throw Kunai y Throw Zeny para ataques a distancia, y Mist Slash, Shadow Jump y Shadow Slash en donde atacas a tu enemigo de manera fuerte y rápidamente desapareces para hacer otro ataque.
Por mi cuenta, creo que el Ninja es un skill abuser (usarás de forma continua tus habilidades) por lo que ocuparás un cantidad de SP considerable.
Ahora bien, podrías hacer un ninja con bases similares a las clases del Thief, en la cual los stats estan distribuidos entre Str, Agi y Dex principalmente, y atacar cuerpo a cuerpo, con el costo de tener aun menos HP y ser muy vulnerable a un gran número de ataques.
Pare serte sincero, yo haría un Ninja con mucha Str y Vit, lo necesario de Dex para tener un cast-time rápido, y una moderada cantidad de Int para que no se te acabe el SP tan rápido.