Su pregunta es que si una vez llegado a 99 el homun sigue robando exp, y no, supongo que ya no lo hace (pero con tanto bug que tienen no me sorprenderia), seria impractico y no se usarian.
Pero bueh, aclarare lo que dijerom arriba respecto a la exp para no cofundir
El homúnculo sube exp tomando la JobExp del mounstro que se mata, y es muy simple:
Si solo lo mata el homúnculo, él se lleva toda esa job exp para subir
Si solo lo mata el alchemist, este se lleva toda la exp y el homúnculo nada
Si lo matan entre los dos, la JobExp (tomada como 105%) se divide de acuerdo al daño hecho por cada uno (y de paso el alchemist recibe 105% de la ExpBase que da el mounstro).